Коноха:
Наруто возвращается в Коноху после длительных тренировок с Джирайей и обнаруживает, что за время его отсутствия Селение Скрытого Листа сильно изменилось… После предательства Саске, Сай занял его место в Команде № 7. Ученики команд  №7, 8 , 9, 10 стали чунинами, Нейджи уже успел стать Джонином... Наруто и Сакура хотят вернуть Саске и продумывают план действий…
Суна:
Пятым Казекаге деревни Стал Гаара, но с приходом его к власти он узнает, что Акацуки планируют напасть на Суну… Деревня должна что-то предпринять…
Ото:
Три года уже почти прошли, и Орочимару готовится захватить тело Саске Учихи, но тот не намерен отдавать свое тело змеиному саннину, ведь тогда он не сможет отомстить своему брату. Решив, что Орочимару уже обучил его всему, чему мог, Саске решает покинуть его, но понимая, что просто так его никто не отпустит, он начинает искать союзников среди шиноби Ото...
В тоже время Орочимару продолжает строить планы по уничтожению Конохи…
Кири:
Мадара, который является правителем Кири - Мизукаге, заключает соглашение с Орочимару и его селением. Он начинает распускать слухи о том, что Коноха собирается напасть на Селение Скрытого Тумана… Мадара начинает подговаривать советников Кири напасть на Коноху раньше, чем она нападет на них, но далеко не все готовы поверить этим слухам… Многие все еще считают Коноху хоть и неофициальным, но союзником Кири. Жители селения разделяются на два лагеря. Члены первого лагеря поддерживают Мадару в вопросе преждевременного нападения на Коноху. Члены второго лагеря противостоят им, считая, что даже если Коноха и собирается напасть на Кири, то во всем еще можно разобраться мирным путем. Вопрос нападения решается до сих пор…
Акацуки:
Вынужденное затишье заканчивается, и Акацки начинают действовать. Разбившись на группы, они отправляются на отлов джинчуриков. Но и среди них нет единства. Пока Мадара, преследуя лишь ему одному известные цели, пытается подобраться к Саске, находящемуся в логове змеиного саннина, Пейн, считающий себя новым богом этого мира, не намерен больше подчиняться Мадаре, скрывающемуся под маской незадачливого Тоби. В тайне ото всех, он начинает планировать покушение на основателя клана Учиха. Неожиданно для самого себя, он находит союзника в другом представителе клана Учиха - Учиха Итачи, который стремится уберечь своего младшего брата от влияния Мадары…

А дальше… Дальше развиваем сюжет как хотим =) Придумываем миссии, развязываем войны, строим отношения, становимся сильнее… Все в ваших руках, господа! =)